厦门市鼓浪屿—万石山风景名胜区管委会(副厅级)于2003年10月18日成立。作为厦门市政府的派出机构,主要负责鼓浪屿—万石山风景名胜区的规划、保护、建设、管理工作。管委会内设6个职能部门:办公室、市场处、规划处、管理处、财务处、文化遗产保护处;市纪委派出机构1个:监察室。管委会下辖6个直属单位,其中:机关单位1个:鼓浪屿房屋管理所;事业单位3个:鼓浪屿游览区管理处;鼓浪屿世界文化遗产监测管理中心;故宫鼓浪屿外国文物馆; 企业2个:鼓浪屿风景区建设开发公司、鼓浪屿景区龙珠建设有限公司。(鼓浪屿在2003年10月前原为厦门经济特区中的一个城区(鼓浪屿区,副厅级。2003年厦门市实行区划调整,撤消鼓浪屿区政府,将区政府的部分行政管理职能划归思明区政府鼓浪屿街道办事处。根据厦委编[2014]15号文,鼓浪屿行政执法大队、鼓浪屿旅游质量监督管理所、鼓浪屿市政环境卫生管理处于2014年5月1日划归思明区;根据厦国资产[2014]371号文,厦门市轮渡公司于2014年11月正式划归厦门国资委港务集团;根据厦委编办[2014]92号文,由鼓浪屿风景区信息中心更名后设立了鼓浪屿世界文化遗产监测管理中心。)
管委会成立以来,在市委、市政府的领导下,严格遵守国家、省、市相关的法律法规规定,坚持科学规划、统一管理、严格保护、永续利用的管理原则,加强景区综合整治,不断改善基础设施,挖掘文化内涵,提升文化品位。鼓浪屿于2008年启动申报世界文化遗产工作,2012年被列入《中国世界文化遗产预备名录》。2016年1月29日,国务院正式向联合国教科文组织递交申请,推荐鼓浪屿代表中国申报2017年世界文化遗产项目。
鼓浪屿景区先后荣获“国家5A级旅游景区”、“ISO14000国家示范区”、“全国文明风景旅游区”、“国家风景名胜区综合整治优秀单位”;“中国最美城区”榜首、“最具特色的中国十大风景名胜区”、“欧洲人最喜爱的中国十大景区”、外国人最值得去的50个地方金奖”等荣誉称号。